Названием группы стал псевдоним ее вокалиста и бессменного лидера — Мэрилина Мэнсона (Брайан Уорнер). Псевдоним был составлен Уорнером из имени знаменитой американской киноактрисы Мэрилин Монро и фамилии не менее известного маньяка-убийцы Чарльза Мэнсона. Столь необычное соединение, по мысли Уорнера, обладало целым рядом значений, начиная от принципиального утверждения о неизбежности наличия в человеке двух начал (добра и зла) до протеста против того, что «Америка помещает убийц на обложку журнала „Таймс“, делая их столь же знаменитыми, как наших любимых кинозвёзд» (эссе «Колумбина: Чья это вина?»). Все остальные участники группы взяли аналогичные псевдонимы из женских имен и фамилий известных убийц.

Двойственность стала отличительной чертой всего творчества группы, постоянно находящегося на границе массового и элитарного. Интеллектуальная сложность (преимущественно, в концептуальном плане), множественные аллюзии и реминисценции порой сочетаются в творчестве коллектива со слабыми и художественно неубедительными текстами, а оригинальные музыкальные решения граничат с тривиальными популярными мотивами.

Имидж и музыкальный стиль группы меняется от альбома к альбому почти до неузнаваемости, что дает повод причислять ее и к индастриал, и к глэм-року, и к готик-року и даже к нью метал. Несмотря на то, что отдельные элементы перечисленных стилей присутствуют в музыке Marilyn Manson, полностью творчество группы не укладывается ни в одну из заявленных категорий. В написании альбома «Golden Age of Grotesque» и «Eat Me, Drink Me» вокалиста группы вдохновлял абсент, по его же словам.