Cюжет
Игра сфокусирована на солдате, прибывшем на Марс и назначенном на обычную должность. Но в этот раз id Software наняла профессионального писателя-фантаста Мэтью Костелло, чтобы он написал сценарий и помог создать раскадровку для всей игры. id сфокусировала усилия на пересказе истории и создании напряженного чувства ужаса.

В отличие от предыдущих игр id, в Doom 3 присутствуют скриптовые сцены, подготавливающие игрока к действиям. Примерно как и в остальных научно-фантастических играх-ужастиках, по базе разбросаны сотни текстовых, аудио- и видеосообщений. Сообщения представляют собой внутреннюю электронную почту и аудиосообщения, которыми обмениваются сотрудники лабораторий, администраторы, обслуживающий персонал и сотрудники службы безопасности марсианской базы. Сообщения показывают чувства и заботы людей на марсианской базе и открывают информацию о происходящих в игре событиях. Видеокабинки и телевизионные экраны показывают планетарные новости, государственную пропаганду, информацию для посетителей и техническую информацию о базе.

История Doom 3 сконцентрирована на открытии древних руин на поверхности Марса. В табличках, найденные на этих участках раскопок, записано, как древняя марсианская раса разработала одну из форм технологии телепортации. Создав устройство телепорта, они заинтересовались неким измерением, через которое происходит перемещение. Стремясь изучить это загадочное место, они сконструировали ещё один телепорт (врата), перемещающий материю в это измерение и обратно. Активировав второй телепорт, они слишком поздно осознали, что ад начал поглощать их мир. После вторжения демонов эта инопланетная раса, пожертвовав своими жизнями, создала оружие, известное как Душекуб. Этот куб, будучи заряженным душами почти всех членов этой расы инопланетян, был использован их самым сильным воином для победы над демонами и для того, чтобы запереть тех в аду.

Сделав это, остатки инопланетной расы написали предупреждения всем, кто в будущем прилетит на Марс, предупреждая их не воссоздавать эту технологию, чтобы избежать открытия других врат в ад. После этого они, спасаясь с Марса, телепортировались в неизвестное место; существуют намеки, что как минимум некоторые из них перебрались на Землю и что люди являются их потомками. Также упоминается, что давно демоны населяли Землю, но по неизвестным причинам покинули её, и теперь хотят вернуть её назад.

UAC, обнаружив Душекуб и предостережения, использовала их для воссоздания той же самой технологии телепортации. После того как учёные обнаружили, что они открыли врата в Ад, они решили продолжать исследования дальше (поддерживаемые их руководителем Малькольмом Бетругером , посылая туда команды и даже захватывая живые экземпляры «местной фауны» ценой больших людских потерь. Портальные эксперименты также оказывали странные и тревожные эффекты на персонал исследовательского комплекса Дельта, в которой эти эксперименты проводились. Учёные и рабочие, находившиеся в неведении о природе работ, проводимых доктором Бетругером и его командой, часто сообщали о странных феноменах и подозрительных производственных несчастных случаях. Дух паранойи и страха распространился по всей базе, заставляя многих рабочих просить о большем присутствии солдат и оружия, доступном для них самих.

Бетругер забрал Душекуб в Ад и, очевидно, заключил какую-то сделку с созданиями, обитающими там. Под его руководством демоны опять вторглись на Марс, уверенные, что единственный ключ к их поражению был в их руках. Вторжение ада на марсианскую базу вырвало из преисподней множество бестелесных потерянных душ, пожирающих души населения базы и делающих их частью Ада, представленного многочисленными псевдоживыми зомби и ужасающе изуродованными человекообразными организмами. Тех же, кто пережил вторжение ада, демонические силы деморализовали и изменяли по своему разумению. Большая часть солдат, выживших после первой волны атаки, были уничтожены демонами и нежитью, в которых превратилась остальная служба охраны базы, в считанные часы.

Один человек, солдат, которым управляет игрок, выжил при этой атаке и с боем прошёл по базе. Он узнал, что Бетругер решил разбить подкрепления, которые были на пути к Марсу, и использовать их корабли для того, чтобы доставить Ад на Землю и поглотить её. Этот солдат также узнал про Душекуб и про портал в Ад, где был спрятан артефакт.

Бетругер использовал технологию телепортации для перемещения морпеха в Ад, где, как он надеялся, того ждет смерть от рук орд демонов. Морпех, преодолевая свои страхи, с боем пробился через них и победил Стража ада, огромного слепого демона, использующего меньших созданий, именуемых «искателями», для того, чтобы «видеть». После этого игрок забрал Душекуб обратно на Марс, где он узнал, что хотя его действия лишили Бетругера возможности использовать технологию телепортации, но Ад образовал естественный портал в преисподнюю в местоположении инопланетных руин. Там игрок с помощью Душекуба победил «сильнейшего воина ада»- Кибердемона, охраняющего Адскую дыру. После победы над Кибердемоном Душекуб вырвался из рук главного героя и ворвался в адскую дыру, охладив и закрыв её. Финальная сцена показывает нам главного героя, единственного, кто остался в живых на марсианской базе, спасаемого прибывшим флотом, и Бетругера, оказавшегося в Аду и перевоплощенного в драконоподобного демона по имени Маледикт, яростно кричащего из-за своего поражения.

[spoiler] Оружие

1. Кулаки — Кто же откажется от возможности врезать противнику как следует голыми руками? Забавный способ убить врага, или даже союзника. В мультиплеере можно украсть оружие другого игрока, просто ударив кулаком.
2. Фонарик — Из-за перебоев с подачей энергии и отключений света при техобслуживании в комплексе UAC большие проблемы с освещением. Поэтому всему персоналу охраны выдаются ручные фонарики. В ближнем бою фонарик может служить дубинкой. К счастью, запас батарейки фонарика бесконечен, как и его стойкость при избиении врагов.
3. Пистолет — Стандартный полуавтоматический пистолет, состоящий на вооружении морской пехоты. Отличается высокой точностью стрельбы и позволяет остановить врага, используя минимум боеприпасов. В противоположность тому, что написано в руководстве, в настоящей игре пистолет — автоматический, то есть для стрельбы более чем одним выстрелом игроку нужно только держать кнопку огня. Пистолет часто используется для сбережения других видов боеприпасов.
4. Дробовик — Лучшее оружие для ближнего боя. На среднем и дальнем расстоянии не так эффективен. Из-за большого разброса дроби этого оружия (22 градуса в одиночном режиме игры), дробовик является очень плохим оружием при использовании на средней и дальней дистанции. Тем не менее, большой уровень повреждения, наносимый дробовиком при стрельбе в упор, делает его одним из самых полезных видов оружия, способным разобраться с большинством обычных врагов одним хорошо нацеленным выстрелом.
5. Автомат MG-88 — Высокая скорострельность, точность и убойная сила обеспечивают великолепную эффективность этого оружия на средней и дальней дистанции, а также при необходимости быстрого наведения. С всего 1 градусом разброса и хорошим размером магазина в 60 патронов, автомат является лучшим оружием для выпускания цепочки выстрелов в голову, позволяющих уложить большинство врагов за считанные секунды.
6. Пулемёт (Max-2) — это отличное скорострельное оружие для стрельбы на ближних и средних дистанциях, так как каждая пуля причиняет в два раза больше ущерба, чем пуля автомата, но он имеет также больший угол разброса.
7. Граната — Будучи очень прыгучими , эти жёлтые цилиндрические гранаты детонируют либо от контакта с врагом, либо через три секунды после взведения. От контакта с самим игроком не детонируют.
8. Плазмомет (Max-4) — Имеет размер зарядной ячейки в 50 зарядов и стреляет голубыми шарами плазмы. Версия плазмомета в Doom 3 похожа на ту, которая используется в первом Doom, и характеризуется такой же хорошей скорострельностью и отсутствием разброса шаров. Однако скорость шаров была значительно уменьшена, делая плазмомет неподходящим для дальних дистанций.
9. Ракетница — запускает быструю ракету, наносящую большой ущерб врагу при прямом попадании, а также ущерб, наносимый взрывной волной находящимся рядом со взрывом. В режиме одиночной игры дополнительная высота, набираемая при так называемом «рокетджамп» является очень небольшой.
10. BFG9000 (Здесь оно именуется наиболее подходящем научным названием — «Blast Field Generator») — чрезвычайно мощное энергетическое оружие, способно очистить от врагов целую комнату. Один полностью заряженный шар, выстреливаемый из оружия, моментально убьёт всех врагов при прямом попадании и большинство из них не сможет выжить в радиусе нескольких метров. Также каждый шар выстреливает из себя наносящие вред лучи по направлению к противникам и содержит микрочип в своём ядре с системой распознавания свой/чужой. Когда шар контактирует с целью, происходит небольшая термоядерная реакция. Однако, если попасть по микрочипу, шар взрывается заранее. BFG9000 может быть перегружен при долгой зарядке, и при этом взорваться, моментально убив стреляющего. BFG может быть найден примерно в середине игры в закрытой комнате, для входа в которую необходимо ввести код. Его также можно найти в закрытом шкафчике от компании Martian Buddy примерно на этом же этапе игры. На уровне Ад рядом со снарядом к нему за скалой на подсвечивающейся красной пентаграмме.
11. Бензопила — попали они на Марс по ошибке поставщика вместо партии отбойных молотков. Очень мощное оружие ближнего боя с никогда не тупящейся цепной пилой. Большая часть врагов распиливается за считанные секунды.

Атмосфера
Самый важный элемент в геймплее Doom 3 — атмосфера. Большая часть уровней очень тёмная, чтобы создать чувство беспомощности и напугать игрока. Она также сильно опирается на световые эффекты для создания подходящего настроения. Немалую роль играет удачная находка разработчиков — игрок не может одновременно использовать фонарик и оружие. Таким образом, каждую секунду боя в тёмном помещении игроку приходится выбирать: стрелять практически вслепую или видеть своего противника, но не иметь реальной возможности ему противостоять.

Появление сильных врагов (боссов) сопровождается новыми эффектами освещения и/или роликами на движке игры. Чтобы достичь лучшего эффекта, это происходит обычно в тёмной комнате, или в комнате, где внезапно выключается свет.

Почти все действие игры происходит в закрытых помещениях, что обеспечивает много возможностей для внезапности.

Также появление боссов в некоторых случаях сопровождается появлением более мелких врагов (особенно после появления у игрока оружия «душекуб»)